Клубот бил основан и регистриран во 2000 година како РК Олимпик Аеродром и истиот се натпреварувал во Првата македонска женска лига, а потоа и во Супер женска лига. Во 2012 година клубот бил предаден во сопствеништво на Горан Стојков и Дарко Петровски и бил преименуван како Ракометен клуб Аеродром.

Во овој период клубот раководел со младински екипи. Во сезоната 2018/19, клубот пријавил сениорска екипа во Првата машка лига под спонзорското име ЦЕМС 2018. Но на крајот на септември 2018 година, спонзорот ЦЕМС се повлекол и клубот оттогаш настапувал под оригиналното име – Аеродром.